本中心設置於國立臺灣大學,相關行政事宜皆依臺灣大學行政體系運作,亦多受其資源挹注。而為順理相關行政程序,有效推動各項學術工作,特於民國104年成立「國立臺灣大學人文社會科學發展中心」,與本中心合併運作。透過此校級中心的建立,進一步與臺灣大學之資源及學術網絡進行整合及聯結,更能促進臺灣人文與社會科學研究之發展。